Το Μοναστήρι «ζει» περίπου 10 αιώνες και θεωρείται το αρχαιότερο της Αρκαδίας και από τα παλιά της Ελλάδας. Σύμφωνα με τη γραπτή παράδοση, κτήτορες της Μονής ήταν οι Πετζοκολαίοι που κατάγονταν από την Κερνίτσα.
Από το 1680 και μετά, στο Μοναστήρι λειτούργησε Κρυφό Σχολειό είχε κατώτερο σχολείο, μέση και ανώτερη Σχολή. Το 1710, το Κρυφό Σχολειό μεταφέρθηκε στη Βυτίνα.
Αρχικά, επρόκειτο για Ανδρική Μονή. Με την πάροδο των ετών, όμως, η Μονή ερήμωσε και, με βασιλικό διάταγμα στις 3/2.1940, μετατράπηκε σε Γυναικεία.
Στον περίβολο της Μονής είναι χτισμένος ο Ναός της «Παναγίας της Κερνίτσας».
Η Ιερά Μονή Κερνίτσας έχει, υπό την επίβλεψή της, και τα Μετόχια: Πρώτο, τη Μονή των Αγίων Θεοδώρων που βρίσκεται στο Πυργάκι, στο κέντρο της Πελοποννήσου.
Το συγκεκριμένο Μοναστήρι ιδρύθηκε από τους Παλαιολόγους το 14ο αιώνα και έγινε οριστικά μετόχι της Κερνίτσας το 1925.
Δεύτερο, το παλαιομονάστηρο, ένα παλαιό ασκηταριό με το όνομα «Σφυρίδα». Απέχει μιάμιση περίπου ώρα από τη Μονή Κερνίτσας και γιορτάζει την Κοίμηση της Θεοτόκου στις 23 Αυγούστου.
Η Μονή δέχεται μόνο προσκυνητές παρόλα αυτά διατηρεί δύο Ξενώνες και μπορεί να φιλοξενήσει 50-60 άτομα. Χαρακτηριστικό είναι πως, η Θεία λειτουργία, τελείται πάντα νύχτα!
