Βαθιά θλίψη εξέφρασε η Ιερά Σύνοδος της Ρωσικής Ορθοδόξου Εκκλησίας εξαιτίας του ότι ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας Θεόδωρος συμμετείχε στο συλλείτουργο με τον επικεφαλής της σχισματικής δομής, που δραστηριοποιείται στη Ουκρανία. Επισημάνθηκε ότι τούτο «εμβαθύνει ακόμη περισσότερο τη ρήξη μεταξύ των Εκκλησιών μας».
Το εν λόγω θέμα εξετάσθηκε από τη Σύνοδο στη συνεδρία της στις 23-24 Σεπτεμβρίου 2021.
Κατά τη διάρκεια της Πρωθιεραρχίας του ο Πατριάρχης Θεόδωρος τοποθετήθηκε επανειλημμένως δημοσίως υπέρ της κανονικής Ορθοδοξίας στην Ουκρανία και της Ουκρανικής Ορθοδόξου Εκκλησίας. Έτσι, τον Ιούνιο 2016 σε βιντεοσκοπημένο σχολιασμό του ανέφερε ειδικότερα: «Θα ήθελα να ευχηθώ στον Μακαριώτατο αδελφό μου Ονούφριο στο Κίεβο χρόνια πολλά. Έζησα δέκα χρόνια στην Οδησσό και γνωρίζω ότι ο Ονούφριος είναι ένας άγιος άνθρωπος. Και ας γνωρίζει ότι το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας και όλοι μας είμαστε κοντά στην κανονική Ορθόδοξη Ουκρανική Εκκλησία με μητροπολίτη τον Μακαριώτατο Ονούφριο». Ο Πατριάρχης Θεόδωρος επίσης τόνισε ότι «η Ουκρανική Εκκλησία ανήκει στη Ρωσική Εκκλησία και Πατριάρχης της είναι ο Πατριάρχης της Μόσχας».
Το Σεπτέμβριο του 2018, κατά τη διάρκεια επισκέψεώς του στην Οδησσό, που πραγματοποιήθηκε δυο εβδομάδες μετά τον διορισμό από το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως «εξάρχων» στο Κίεβο, με τον Πατριάρχη Αλεξανδρείας Θεόδωρο συλλειτούργησαν ο μητροπολίτης Κιέβου και πάσης Ουκρανίας Ονούφριος και επίσκοποι της Ουκρανικής Ορθοδόξου Εκκλησίας. Στα κηρύγματά του ο Πατριάρχης Θεόδωρος καλούσε τους πιστούς να μείνουν αφοσιωμένοι στην κανονική Εκκλησία στην Ουκρανία και τον Προκαθήμενό της: «Μείνετε στην ορθόδοξη πίστη! Μείνετε με την κανονική Εκκλησία!… Στην ιστορία της Εκκλησίας μας υπήρχαν δύσκολα χρόνια, όμως στην Ουκρανία, σε αυτή την ευλογημένη ορθόδοξη χώρα, υπάρχει κανονική Εκκλησία, υπάρχει ο Μακαριώτατος αδελφός μας Ονούφριος, ένας ευλογημένος άνθρωπος από τον Θεό και αληθινός μοναχός… Θα προσπαθήσω με όλες μου τις δυνάμεις να πω σε όλους για την κατάσταση στην Ουκρανία… Η Ουκρανική Εκκλησία πρέπει να μείνει στην κανονικότητά της… Δεν έχει ανάγκη να της δώσουμε κάτι περισσότερο, διότι το ήδη έχει ως Ορθόδοξη Εκκλησία. Μεγάλη αμαρτία για την οποία θα απολογηθούμε κατά τη Δευτέρα Παρουσία, θα είναι εάν χυθεί έστω και μια σταγόνα αίματος». Μέχρι μια ορισμένη στιγμή ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας Θεόδωρος τασσόταν επανειλημμένως και δημοσίως υπέρ της κανονικής Ορθοδοξίας στην Ουκρανία και της Ουκρανικής Ορθοδόξου Εκκλησίας.
Όμως, στις 8 Νοεμβρίου 2019 ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας Θεόδωρος κατά τη Θεία Λειτουργία στο Κάιρο μνημόνευσε τον επικεφαλής μιας εκ των ουκρανικών σχισματικών ομάδων ανάμεσα στους Προκαθημένους των αυτοκεφάλων Εκκλησιών και ανακοίνωσε την αναγνώριση από εκείνον της λεγόμενης «Ορθοδόξου Εκκλησίας της Ουκρανίας», μιας σχισματικής κοινότητας, που έλαβε τον «Τόμο αυτοκεφαλίας» από το χέρι του Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Βαρθολομαίο. Στις 30 Νοεμβρίου του ίδιου έτους ο Πατριάρχης Θεόδωρος κατά την επίσκεψή του στο Φανάρι συλλειτούργησε με τον Πατριάρχη Βαρθολομαίο, μάλιστα στη Λειτουργία ανάμεσα στους συλλειτουργήσαντες αρχιερείς συμμετείχε και «ιεράρχης» της σχισματικής κοινότητας της Ουκρανίας.
Στις 26 Δεκεμβρίου 2019 η Ιερά Σύνοδος της Ρωσικής Ορθοδόξου Εκκλησίας αναγνώρισε ως αδύνατη τη μνημόνευση του ονόματος του Πατριάρχη Αλεξανδρείας Θεοδώρου στα δίπτυχα, όπως και τη συνέχιση της προσευχητικής και ευχαριστιακής κοινωνίας μαζί του και με εκείνους τους ιεράρχες της Ορθοδόξου Εκκλησίας της Αλεξανδρείας, ο οποίοι υποστήριξαν ή θα υποστηρίξουν στο μέλλον τη νομιμοποίηση του ουκρανικού σχίσματος.
Ταυτόχρονα, στη Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία άρχισαν να υποβάλλονται πολυάριθμες αιτήσεις για ένταξη στη δικαιοδοσία του Πατριαρχείου Μόσχας από κληρικούς της Ορθοδόξου Εκκλησίας της Αλεξανδρείας, οι οποίοι διαφωνούν με την απόφαση του Πατριάρχη Θεοδώρου να αναγνωρίσει τους Ουκρανούς σχισματικούς και δεν επιθυμούν για τον λόγο αυτό να παραμένουν υπό το ωμοφόριό του. Η Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία αρχικώς απέφυγε να ανταποκριθεί θετικά σε αυτές τις αιτήσεις, ελπίζοντας ότι ο Πατριάρχης Θεόδωρος θα αλλάξει την απόφασή του και οι αρχιερείς της Εκκλησίας της Αλεξανδρείας δεν θα υποστηρίξουν τη νομιμοποίηση του ουκρανικού σχίσματος.
Δεν συνέβη όμως αυτό. Έτσι, στις 28 Ιουλίου 2021 ο Προκαθήμενος της Εκκλησίας της Αλεξανδρείας απέστειλε στην οργανωθείσα από τους σχισματικούς εκδηλώσεις στο Κίεβο τον επίσημο εκπρόσωπό του, επίσκοπο Βαβυλώνος Θεόδωρο, ο οποίος ανέγνωσε μήνυμα εκ μέρους του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας. Στις 13 Αυγούστου ο Πατριάρχης Θεόδωρος επισκέφθηκε την Ίμβρο και κατά τη Λειτουργία, της οποίας προέστη ο Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Βαρθολομαίος συλλειτούργησε με τον επικεφαλής της λεγόμενης «Ορθοδόξου Εκκλησίας της Ουκρανίας» και ύστερα κατά τη διάρκεια χωριστής συναντήσεως, τον διαβεβαίωσε για την αμέριστη συμπαράστασή του. Προς το παρόν, κανείς εκ των ιεραρχών της Ορθοδόξου Εκκλησίας της Αλεξανδρείας δεν εξέφρασε τη διαφωνία του με τις ενέργειες του Πατριάρχη Θεοδώρου για την υποστήριξη του σχίσματος στην Ουκρανία.
Λαμβάνοντας υπόψη αυτά τα γεγονότα και αποδίδοντας προσοχή στις πολυάριθμες αιτήσεις κληρικών της Ορθοδόξου Εκκλησίας της Αλεξανδρείας προς τον Αγιώτατο Πατριάρχη Μόσχας και Πασών των Ρωσσιών Κύριλλο να τους δεχθεί στη δικαιοδοσία του Πατριαρχείου Μόσχας, η Ιερά Σύνοδος ανέθεσε στον αρχιεπίσκοπο Βλαντικαυκάζ και Αλανίας Λεωνίδα μετά από επισταμένη εξέταση των υποβληθεισών αιτήσεων να εισηγηθεί προτάσεις στην Ιερά Σύνοδο.
Στη συνεδρία κατά το διήμερο 23-24 Σεπτεμβρίου η Ιερά Σύνοδος της Ρωσικής Ορθοδόξου Εκκλησίας επίσης αποφάσισε την παύση του αρχιεπισκόπου Λεωνίδα από την διοίκηση της επαρχίας Βλαντικαυκάζ και Αλανίας εκφράζοντας την ευγνωμοσύνη για τους κόπους του και διατηρώντας τη θέση του αντιπροέδρου του Τμήματος Εξωτερικών Εκκλησιαστικών Σχέσεων και ποιμενάρχη της Πατριαρχικής Αρχιερατικής Περιφέρειας των ενοριών της Ρωσικής Ορθοδόξου Εκκλησίας στη Δημοκρατία της Αρμενίας.
Η Ιερά Σύνοδος διόρισε τον Σεβασμιώτατο αρχιεπίσκοπο Λεωνίδα βοηθό επίσκοπο του Αγιωτάτου Πατριάρχη Μόσχας και Πασών των Ρωσσιών και του απονεμήθηκε ο τίτλος «του Κλιν».
