Descoperirea Moastelor sfintilor Rafail, Irina si Nicolae a avut loc dupa ce mai multi localnici au avut vise si vedenii, in care sfintii le vorbeau si le aratau locurile de pe colina. Potrivit acestora, in ziua de 9 aprilie 1463, turcii au chinuit si omorat pe toti calugarii din Manastirea Maicii Domnului, de pe colina.
Sfintii Rafail, Irina si Nicolae au trait in insula greceasca Lesvos, in satul Thermi, la mica distanta de localitatea Mitilene. La numai un kilometru distanta de acest sat se afla colina numita "Karyes", cunoscuta si sub denumirea de "Calugarul".
Colina Sfintilor, cum este denumit astazi locul, a fost inca din vechime loc de nevointe monahale. Astfel, aici a existat o manastire de calugari, iar mai apoi una de maici. In data de 11 mai 1235, localitatea a fost pradata de catre pirati, iar manastirea distrusa. Maicile din manastire, in numar de 30, au avut mult de suferit de pe urma cruzimii paganilor. Maica Olimpiada a primit moarte martirica. Dupa aceasta data, locul a ramas ruinat.
Abia in anul 1433, manastirea cea paraginita va fi reconditionata si rezidita de catre o crestina din partile locului, pe numele ei Melpomena, impreuna cu familia ei. Odata cu reinfiintarea manastirii de pe colina Karyes, calugarii manastirii au deschis si un azil de batrani, cat si o cantina pentru saracii din zona.
Ultimul staret al manastirii de pe dealul Karyes a fost Sfantul Rafael (Rafail), martirizat de catre paganii turci, in anul 1463. La aceasta data, manastirea a fost din nou distrusa, ea fiind incendiata in intregime.
Nu dupa mult timp, locul a ajuns in stapanirea turcilor. Colina Karyes a ajuns in mana unul turc pe nume Hasan. Pe colina se mai pastrau inca si atunci ruine ale vechii manastiri, dimpreuna cu o parte din biserica inchinata Maicii Domnului.
La o vreme randuita de Dumnezeu, in bisericuta darapanata au inceput sa aiba loc anumite semne dumnezeisti: o lumina minunata inunda locul, clopote inexistenta incepeau sa bata, iar toaca chema si ea la slujba. Aceste semne sunt marturisite de catre turci, iar nu de catre crestini, lucru ce intareste si mai mult veridicitatea lor. Pentru aceasta, stapanitorul colinei a ingaduit crestinilor din Thermis sa savarseasca Sfanta Liturghie, pe deal, in Martea din Saptamana Luminata.
Hasan va ceda colina unui var de-al sau, pe nume Arif. Tot necrestin, acesta din urma va lua o mare parte din pietrele bisericii ruinate si isi va construi o casa in localitatea Thermis. Din acel moment, Arif a inceput a vedea un calugar tamaind, fie prin casa lui, fie pe colina Karyes, in zona bisericii. Speriat de aceste intamplari, el si-a parasit proprietatea. In casa acestuia a locuit, pentru inca o vreme, grecul Ignatie Karaconstantin, impreuna cu familia sa dar, din pricina acelorasi aparitii vor parasi si ei casa.
In biserica de pe deal, unde era adesea vazut "calugarul", se savarsea Sfanta Liturghie numai o data pe an, anume Marti, in Saptamana Luminata. Nimeni nu mai stia de ce se facea aceasta, insa traditia deveni atat de puternica, incat ea nu putea fi parasita.
In anul 1922, populatia de origine greaca din Asia Mica a fost nevoita sa se retraga in teritoriile grecesti. Astfel, multi crestini, speriati de persecutiile turcilor, s-au refugiat in insula Lesvos - Lesbos. Sapte familii s-au adunat in casa cea veche din satul Thermi, care apartinuse turcului Arif. Casa avea deasupra usilor si ferestrelor bucati de marmura, frumos sculptate, care apartinusera unei biserici.
Una dintre familiile venite in aceasta casa era cea a crestinei Angheliki Marangos. Afland despre cele in legatura cu casa in care s-a mutat (aparitia unui "calugar"), Angheliki si-a spus in sine: "Oare nu cumva turcii au omorat un preot si l-au ingropat in aceasta casa?" In acea noapte, un calugar mare la trup i-a aparut in vis si i-a zis: "Angheliki, gandul care ti-a venit este adevarat. Turcii m-au omorat, dar nu m-au ingropat in aceasta casa. Va veni timpul cand vei afla cine sunt, povestea vietii mele şi unde sunt ingropat."
Angheliki Marangos a fagaduit Maicii Domnului ca, daca va putea intra in posesia Colinei Karyes, ea ii va rezidi biserica. Astfel, femeia si-a vazut rugaciunea indeplinita. Uitand de fagaduinta facuta, femeia a vietuit fara de grija, iar in cele din urma, a trecut la cele vesnice.
Abia in anul 1959, Constantin Marangos s-a aratat in vis urmasilor sai, amintindu-le de fagaduinta cea uitata. Astfel, in luna iulie a aceluiasi an, biserica a inceput a fi rezidita. In vremea rezidirii bisericii, Sfintii Rafail, Irina si Nicolae diaconul, le vor purta de grija si ii vor insoti cu o serie de minuni, printre care si aflarea sfintelor lor Moaste.
In data de 23 Iunie 1959, sapand in podeaua bisericii, spre a nivela locul, muncitorii au dat peste o piatra slefuita, lunga si dreapta, care parea asezata voit in acea pozitie. Dand la o parte placa de piatra, s-a aflat trupul unui barbat, cu mainile incrucisate pe piept si cu capul separat de trup, precum si cu mandibula. La cap se afla o caramida cu trei cruci incrustate pe ea. Din trupul barbatului iesea un miros deosebit.
Un muncitor a luat osemintele, le-a pus intr-un sac si le-a asezat langa un maslin de langa biserica. Sfintele Moaste, necunoscute inca, au stat acolo vreme de cateva zile. Vrand mai apoi sa le ridice, muncitorul nu a mai putut urni sacul din loc. Abia dupa ce s-a inchinat, el a putut ridica sacul....